UMAGT

Unité de Méthodologie d’Analyse Globale du Transcriptome

La plate-forme d’analyse globale du transcriptome a été labellisée site d’analyse de Marseille-Nice Génopôle et plateau RIO. Notre expertise se réalise dans le domaine de la mesure de l’expression génique par PCR quantitative en temps réel.

Notre plate-forme Transcriptome a pour vocation de répondre aux besoins sur le site de l’IFR mais aussi de s’ouvrir au plan régional (Marseille-Nice Génopôle), national, et même européen ou international.


A côté du développement du programme sur des questions scientifiques précises, pour lesquelles nous mettons à disposition notre plate-forme, nous voulons mettre en place une politique de développement technologique avec un effort particulier en terme de standardisation et de contrôle de qualité.

Méthodologie maîtrisée :

En effet, nous avons une expertise reconnue au niveau national et européen pour la standardisation et le contrôle de qualité en PCR quantitative en temps réel pour l’analyse de l’expression génique. Cet outil de PCR quantitative en temps réel est clairement complémentaire et indispensable à l’analyse par puces à ADN afin de valider, au moins pour les années à venir, les résultats obtenus par l’approche globale. Cette expertise méthodologique et le travail en réseau doivent être un atout très précieux pour participer activement au développement régional et national de l’analyse globale du Transcriptome, puis secondairement, au niveau européen.

En effet, le laboratoire participe pour cette technologie à différents contrôles de qualité (CQE) externes sur le plan national, réseau RUBIH (STIC 2004) nous sommes au 4ème tour de CQE.

Capacité de développements technologiques :

Grâce à notre expérience sur la PCR quantitative en temps réel dans un domaine de recherche clinique, nous voulons développer une approche méthodologique de standardisation et de contrôle de qualité qui seule nous permettra de travailler en réseau pour l’analyse globale du Transcriptome.

Ce travail en réseau et la possibilité de comparer les analyses les unes aux autres est un des atouts potentiels majeurs de cette technologie innovante. A côté du réseau européen « Europe contre le cancer » nous avons entrepris une collaboration avec le Professeur John Saldanha du National Institute of Biology for Standards and Controls (NIBSC) qui dépend de l’Organisation Mondiale de la Santé afin de développer des standards de type ARN cellulaires et cellules lyophilisées. Le laboratoire du Pr. Saldanha distribue des standards d’ARN viraux dans le monde entier et ceci à température ambiante ; ces produits sont très stables (plus de 5 ans). Notre programme collaboratif actuellement consiste à développer des standards d’ARN cellulaires et de cellules lyophilisés appropriés pour les contrôles de qualité dans les laboratoires de recherche cliniques utilisant la PCR quantitative en temps réel. Le modèle pris est la lignée K562, exprimant le transcrit BCR-ABL Il est clair que dans un deuxième temps, nous étudierons l’application de ces standards en temps que contrôles pour l’analyse globale du Transcriptome. Si nous arrivons à mener à bien ce programme et à définir de tels standards, cela représenterait une avancée majeure pour l’analyse du Transcriptome notamment dans le domaine de la santé qui fait appel à des échantillons très divers où le problème du choix et de la qualité du contrôle est crucial.

Matériels de l’UMAGT :

Un lecteur de lames de verre « scan array » ; une station d’hybridation automatisée. Ventana ; un bioanalyseur 2100-Agilent un appareil PCR quantitative 7700-Applied Biosystems ; la plateforme héberge aussi pour la RQ PCR un appareil 7900HT-Applied Biosystems (APHM) au format 384 puits (tLDA). Sur le plan international, nous faisons partie du groupe sur la standardisation de l’analyse du transcrit BCR-ABL par RQ PCR.

Partenaires ayant soutenu la création et le développement de l’UMAGT :

le Conseil Régional Provence Alpes Côte d’Azur
le Conseil Général des Bouches du Rhône ;
l’Université de la Méditerranée ;
le Ministère en charge de la Recherche.

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